תנו רבנן: שמונים תלמידים היו לו להלל הזקן, שלושים מהם ראויים שתשרה עליהן שכינה כמשה רבנו, ושלושים מהם ראויים שתעמוד להם חמה כיהושע בן נון, עשרים בינונים, גדול שבכולן – יונתן בן עוזיאל, קטן שבכולן-רבן יוחנן בן זכאי.

אמרו עליו על יונתן בן עוזיאל: בשעה שישב ועוסק בתורה כל עוף שפורח מעליו מיד נשרף, (רש"י: שהיו מלאכי השרת מתקבצין סביביו לשמוע דברי תורה מפיו, ותוספות פירשו: שהדברים שמחים כנתינתן בסיני שנתנה תורה באש) (סוכ כ"ח). תרגום של נביאים יונתן בן-עוזיאל אמרו מפי חגי זכריה ומלאכי, ונזדעזעה ארץ ישראל ת' פרסה על ת' פרסה, יצאה בת-קול אמרה מי הוא זה שגילה סתרי לבני-אדם, עמד יונתן בן עוזיאל על רגליו ואמר: אני הוא שגיליתי סתרייך לבני-אדם, גלוי וידוע לפניך שלא לכבודי עשיתי ולא לכבוד בית אבא אלא לכבודך עשיתי שלא ירבו מחלוקת בישראל, ועוד ביקש לגלות תרגום של כתובים יצאה בת-קול ואמרה לו: דייך, מאי טעמא? דאית ביה קץ משיח (מגילה ג)

נהוג לבקר בציון קברו ,הנמצא בעמוקה, בתקווה שבזכות תפילה במקום הקדוש ,יפתחו שערי שמיים ויימצא זיווגו של האדם המתפלל. מנהג זה נוצר גם בעקבות האמונה שהתנ"א היה רווק אך לעדות זו אין סימוכין ברורים אך בעיקר בעקבות פירושו לדברי התורה: "כי יקח איש אישה חדשה … ושימח את אישתו אשר לקח.לא יחבל ריחים ורכב,כי נפש הוא חובל".(דברים כ"ד, ה-ו).

ואלה דברי התנ"א יונתן בן עוזיאל: " ודברה התורה בלשון נקבה:הרחים רמז לאישה,ורכב- רמז לאיש. לא לעכב את הקשר בין חתנים לכלות,וכל הכופר בזה…כופר בחיי העולם הבא"..

וכן בעקבות פירושו של רש"י לדברי התלמוד: "כל מי שאין מכיר משפחתו ושבטו נפנה לשם,אמר רבא:והיא עמוקה משאול…"(יבמות י"ז).מפרש שם רש"י:"שאין מוצאים אשה פונים והולכים שם-והיא עמוקה". והבינו כאילו רמז לשם המקום עמוקה,שבתחומו נמצא קבר התנ"א יונתן בן עוזיאל.

סגולות רבות יש למקום זה ,עליהן נרחיב בהמשך ,אך העיקריות שבהן הן התפילה ולהקיף את קברו שבע פעמים.